Po založení Lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Plzni v roce 1945 bylo gynekologicko-porodnické oddělení městské nemocnice přeměněno na gynekologicko-porodnickou kliniku, která byla umístěna po úpravách v budově bývalé školy na Slovanech.
Prvním přednostou kliniky se stal doc. MUDr. Vladimír Mikoláš, který působil ve funkci primáře gynekologicko-porodnického oddělení městské nemocnice v Plzni od roku 1935 do roku 1945, do Plzně přišel již jako mladý docent – žák prof. MUDr. J. Jerieho z Prahy. Docent Mikoláš, později profesor, vtiskl klinice vysokou míru náročnosti v léčebně preventivní péči a ve výuce i výzkumu a obklopen velmi schopnými spolupracovníky vybudoval v Plzni renomovanou gynekologicko-porodnickou kliniku, kde kromě výuky mediků probíhá i praktická výuka porodních asistentek.
Z jeho žáků dosáhl světové proslulosti prof. MUDr. Adolf Štafl, CSc., který po emigraci do USA v roce 1968 se stal v létech 1975 až 1988 prezidentem Mezinárodní federace pro kolposkopii a cervikální patologii.
Po prof. Mikolášovi nastoupil v roce 1972 prof. MUDr. František Macků, CSc., odchovanec 2. gynekologicko-porodnické kliniky LF UK a VFN v Praze. Klinika v této době měla 183 lůžek, v oblasti léčebně preventivní péče převzala plně úlohu metodického centra Západočeského kraje. Stává se Perinatologickým centrem, kde se soustřeďují vážné komplikace v těhotenství z celého kraje.
V roce 1991 nastupuje do funkce přednosty kliniky prof. MUDr. Jaromír Bouda, CSc., již odchovanec plzeňské kliniky. Klinika se stává výukovým centrem pro postgraduální výchovu absolventů lékařského studia.
Reprodukční imunologii na Gynekologicko-Porodnické klinice v roce 1985 založila prof.MUDr.Zdenka Ulčová-Gallová.
V devadesátých létech po otevření hranic navštěvují kliniku věhlasné osobnosti oboru z USA a Evropy a pomáhají se zaváděním nových metod a operačních postupů, lékaři kliniky také absolvují stáže na předních světových pracovištích, což umožnilo klinice úplně srovnat krok se světem
V roce 1996 se stává přednostou kliniky Doc. MUDr. Zdeněk Rokyta, CSc., žák všech svých předchůdců. Po velkém úsilí a stálých odkladech se podařilo prosadit vybudování nové kliniky v Plzni na Lochotíně, která je otevřena v roce 2007 a vybavením i prostředím předčila očekávání. Klinika se stává též Onkogynekologickým centrem, kde se koncentrují onkogynekologicky nemocné z celého regionu. Prohlubuje se specializace, klinika je též centrem pro urogynekologii, doškolovacím centrem pro laparoskopii, vzniká IVF centrum. Po celou dobu existence kliniky si klinika udržuje dobré renomé v rámci ČR při vysoké náročnosti chodu velkého pracoviště.
V roce 2011 se stává přednostou kliniky Doc. MUDr. Zdeněk Novotný, CSc..
V roce 2022 se stává přednostou kliniky Doc. MUDr. Jiří Presl Ph.D. V roce 2024 GPK získávý certifikát Centra excelence pro léčbu endometriozy - statut Centra pro endometriozu je výsledkem ucelené koncepce péče o tyto pacientky a naší neustálé snahy poskytovat jim tu nejlepší možnou péči a léčbu.